10 Tips om Arbejde med pakker i R-dummies

En af de meget attraktive egenskaber ved R er, at den indeholder en stor samling af tredjeparts pakker (samlinger af funktioner i et veldefineret format). For at få mest muligt ud af R skal du forstå, hvor du kan finde yderligere pakker, hvordan du downloader og installerer dem, og hvordan du bruger dem.

Spidser rundt CRAN'ernes hjørner og krøller

Det omfattende R Archive Network (CRAN) er et netværk af webservere over hele verden, hvor du kan finde R-kildekoden, R manualer og dokumentation og medfølgende pakker.

CRAN er ikke et enkelt websted; Det er en samling af webservere, hver med en identisk kopi af alle oplysningerne på CRAN. Således kaldes hver webserver et spejl. Ideen er, at du vælger spejlet, der er placeret nærmest dit, hvilket reducerer internettet eller fjerntrafik på internettet. Du kan finde en liste over CRAN spejle her.

Uanset hvilken R-grænseflade du bruger, kan du permanent gemme dit foretrukne CRAN-spejl (og andre indstillinger) i en særlig fil, der hedder. RProfile, der findes i brugerens hjemmekatalog eller R-startkataloget. For eksempel, for at indstille Imperial College, UK spejl som dit standard CRAN spejl, skal du inkludere denne linje i din. RProfile:

muligheder ("repos" = c (CRAN = " // kran. Ma. Imperial. Ac. Uk /"))

Find interessante pakker

I begyndelsen af 2015 var der mere end 6, 000 pakker på CRAN. Det betyder at finde en pakke til din opgave ved hånden kan virke svært.

Heldigvis har en håndfuld frivillige eksperter samlet nogle af de mest brugte pakker i kurater. Disse lister kaldes CRAN-opgavevisninger. Du kan finde opgavevisninger for empirisk finansiering, statistisk genetik, maskinindlæring, statistisk læring og mange andre fascinerende emner.

Hver pakke har sin egen webside på CRAN. På websiden for en pakke finder du et resumé, information om de pakker, der bruges, et link til pakkens websted (hvis et sådant websted eksisterer) og andre nyttige oplysninger.

Installation af pakker

For at installere en pakke skal du bruge installationen. pakker () funktion. Denne enkle kommando overfører pakken fra et bestemt lager (som standard, CRAN) og installerer det på din maskine: >> installer. pakker ("formuer")

Bemærk, at argumentet for at installere. pakker () er en tegnstreng. Med andre ord, husk citaterne omkring pakkenavnet!

I RGui såvel som i RStudio finder du en menukommando for at gøre det samme:

I RGui skal du vælge Pakker → Installer pakke (r).

• I RStudio skal du vælge Værktøj → Installer pakker …

• Indlæser pakker

For at indlæse en pakke bruger du funktionen bibliotek () eller () (). Disse funktioner er ens i deres effekter, men de afviger i returværdien:

library ()

• : Returnerer usynligt en liste over pakker, der er vedhæftet, eller stopper med en fejl, hvis pakken ikke er tændt din maskine. kræver ()

• : Returnerer TRUE, hvis pakken er korrekt tilsluttet og FALSE hvis ikke.

  Dokumentationen R foreslår, at biblioteket () er den foretrukne måde at indlæse pakker i scripts på, mens krav () er foretrukket inden for funktioner og pakker.

Så efter at du har installeret pakken formuer, skal du indlæse det som sådan: >> bibliotek ("formuer")

Bemærk, at du ikke behøver at citere pakkens navn i bibliotekets argumentation, men det er god praksis at altid citere pakkens navn.

Selv om det er muligt at aflæse en pakke inden for en R-session ved at bruge funktionen detach (), er det i praksis meget nemmere at genstarte din R-session.

Læsning af pakken manual og vignet

Pakken manualen er en samling af alle funktioner og anden pakke dokumentation. Du kan få adgang til manualen på to måder. Den første måde er at bruge hjælpargumentet til biblioteket () -funktionen:

>> bibliotek (hjælp = "formuer")

Den anden vej er at finde vejledningen på pakkewebstedet. Hvis du peger dit browservindue på CRAN-siden for formuerpakken, vil du bemærke et link til manualen hen til bunden af ​​siden.

Uanset hvilken fremgangsmåde du vælger, er resultatet et PDF-dokument, der indeholder pakkehåndbogen.

Nogle pakkeforfattere skriver også en eller flere

vignetter, dokumenter, der illustrerer, hvordan du bruger pakken. En vignet viser typisk nogle eksempler på, hvordan man bruger funktionerne og hvordan man kommer i gang. Det vigtigste er, at en vignette illustrerer, hvordan man bruger pakken med R-kode og -udgang, ligesom denne bog.

For at læse vignetten for formuepakken, prøv følgende: >> vignet ("formuer") Opdatering af pakker For at sikre, at du har den nyeste version af en pakke, skal du bruge opdatering. pakker (): >> opdatering. pakker ()

Denne funktion forbinder til CRAN (som standard) og kontrollerer, om der er opdateringer til alle de pakker, du har installeret på din maskine. Hvis det er, spørger du om du vil opdatere hver pakke, og derefter downloader koden og installerer den nye version.

Hvis du tilføjer opdatering. pakker (spørg = FALSE), R opdaterer alle uddaterede pakker i den aktuelle bibliotekslokation uden at spørge dig om. Du kan også fortælle opdateringen. pakker () for at se et andet repository end CRAN ved at ændre repos argumentet. Hvis repos-argumentet peger på en fil på din maskine (eller netværk), installerer R pakken fra denne fil.

Både RGui og RStudio har menuvalg, som giver dig mulighed for at opdatere pakkerne:

I RGui skal du vælge Pakker → Opdater pakke (r).

I RStudio skal du vælge Værktøjer → Check for pakkeopdateringer …

Begge programmer giver dig mulighed for grafisk at vælge pakker, der skal opdateres.

Forfalskning med R-Forge

Selvom det ikke er helt sandt, har pakker på CRAN tendens til at have et minimums løbetid.

• Så hvor bor pakker, der er i udviklingscyklussen? Ofte bor de hos R-Forge. R-Forge giver udviklere en platform til at udvikle og teste deres R-pakker. For eksempel tilbyder R-Forge

Et bygge- og kontrolsystem på Windows og Linux-operativsystemer (Mac OSX understøttes ikke)

Versionskontrol

Fejlrapporteringssystemer

Sikkerhedskopiering og administration

For at installere et projekt fra R-Forge, bruger du også installationen. pakker () -funktionen, men du skal angive repos-argumentet. For eksempel at installere udviklingsversionen af ​​pakkedataene. tabel, prøv følgende:

• >> installere. pakker ("data. table", repos = " // R-Forge. R-projekt. org")

• Selv om R-Forge ikke har et build- og checksystem til Mac OSX specifikt, kan Mac-brugere installer og brug pakker fra R-Forge ved at installere kildepakken. Du finder flere oplysninger i FAQ til Mac.

• Få pakker fra github

• I de seneste år er mange udviklere begyndt at bruge github som et kodeudviklingssted. Selv om github ikke tilbyder nogen af ​​de R-specifikke funktioner i CRAN eller R-Forge, er nogle gange kode lettere at dele ved at bruge github. Så du kan lejlighedsvis få instruktioner til at installere en pakke direkte fra github.

På Linux- og Mac OSX-operativsystemerne er installation af pakker fra github forholdsvis let. Men på Windows skal du også først installere RTools (et sæt kompilere og andre værktøjer til at opbygge pakker fra kilden). For at installere RTools på en Windows-maskine skal du følge instruktionerne omhyggeligt.

Gennemførelse af installationer fra BioConductor

BioConductor er et lager af R-pakker og software, en samling værktøjer, der er specialiseret i analyse af genomiske og beslægtede data.

BioConductor har sine egne regelsæt for udviklere. Hvis du f.eks. Skal installere en pakke fra BioConductor, skal du kilde et script fra sin server: >> source (" // bioconductor. Org / biocLite. R")

Så kan du bruge biocLite () funktion til at installere pakker fra BioConductor. Hvis du ikke giver et argument, skal du bare installere de nødvendige basepakker fra BioConductor-projektet.

BioConductor bruger i vid udstrækning objektorienteringsprogrammering med S4-klasser.

Læsning af R-håndbogen

Håndbogen "R Installation og administration" er en omfattende vejledning til installation og administration af R. Kapitel 6 i denne vejledning indeholder alle de oplysninger, du har brug for om at arbejde med pakker.